added more readmes

README.md

@@ -0,0 +1,21 @@
+# Plantillas para el uso del clúster CIBioFi
+
+En este repositorio encontrará plantillas para el envío de tareas en el
+clúster computacional de CIBioFi.
+
+- Docker
+  - Python
+    - [Lectura de archivos desde NFS](docker/python/read)
+    - [Escritura de archivos desde NFS](docker/python/write)
+    - [Instalación de requerimientos para Python](docker/python/requirements)
+
+  - R
+    - [Lectura de archivos desde NFS](docker/R/read)
+    - [Escritura de archivos desde NFS](docker/R/write)
+    - [Instalación de requerimientos para R](docker/R/requirements)
+- [Cuda](gpu)
+
+Para solicitar una plantilla específica de un lenguaje de programación,
+por favor envíe un correo a [mauricio.collazos@correounivalle.edu.co](mailto:mauricio.collazos@correounivalle.edu.co) 
+indicando su caso y solicitando asistencia
+

docker/R/read/README.md

@@ -0,0 +1,9 @@
+# Lectura de archivos desde NFS para R
+
+En esta plantilla encontrará:
+
+- [condor.submit](condor.submit): El archivo para enviar la tarea a HTCondor
+- [read.R](read.py): Script con código fuente
+
+Como no se requiere ninguna instalación externa, no se hace uso de una 
+imágen de docker personalizada

docker/R/read/read_R_log.log

@@ -1,19 +0,0 @@
-000 (050.000.000) 05/10 11:13:59 Job submitted from host: <192.168.27.25:9618?addrs=192.168.27.25-9618&noUDP&sock=1446571_f6bf_4>
-...
-001 (050.000.000) 05/10 11:14:01 Job executing on host: <192.168.27.17:9618?addrs=192.168.27.17-9618&noUDP&sock=27247_c111_3>
-...
-005 (050.000.000) 05/10 11:14:02 Job terminated.
-	(1) Normal termination (return value 0)
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Run Remote Usage
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Run Local Usage
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Total Remote Usage
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Total Local Usage
-	49  -  Run Bytes Sent By Job
-	67  -  Run Bytes Received By Job
-	49  -  Total Bytes Sent By Job
-	67  -  Total Bytes Received By Job
-	Partitionable Resources :    Usage  Request Allocated 
-	   Cpus                 :        0        1         1 
-	   Disk (KB)            :       16        1     45972 
-	   Memory (MB)          :                 0      1024 
-...

docker/R/read/read_R_out.out

@@ -1,2 +0,0 @@
-[1] hello.world
-<0 rows> (or 0-length row.names)

docker/R/requirements/README.md

@@ -1,6 +1,14 @@
-# Requirements
+# Instalación de requerimientos para R
 
-Esta es una plantilla para la creación de una tarea en R que se ejecutará en el sistema de colas de CIBioFi.
+En esta plantilla encontrará:
+
+- [compile_docker_image.sh](compile_docker_image.sh): Un script que construye y despliega la imagen automáticamente al registro de CIBioFi
+- [condor.submit](condor.submit): El archivo para enviar la tarea a HTCondor
+- [Dockerfile](Dockerfile): Archivo de construcción de imagen Docker personalizada
+- [requirements.R](requirements.py): Script con código fuente
+- [install.R](requirements.txt): Archivo de requerimientos de R
+
+## Instruciones de uso
 
 Por favor modifique el archivo `install.R` indicando las librerías necesarias para su script
 
@@ -23,5 +31,3 @@ Y por último envíe la tarea usando
 ```bash
 condor_submit condor.submit
 ```
-
-

docker/R/write/README.md

@@ -0,0 +1,9 @@
+# Escritura de archivos desde NFS para R
+
+En este plantilla encontrará
+
+- [condor.submit](condor.submit): El archivo para enviar la tarea a HTCondor
+- [write.R](read.py): Script con código fuente
+
+Como no se requiere ninguna instalación externa, no se hace uso de una 
+imágen de docker personalizada

docker/R/write/docker_stderror

@@ -1,27 +0,0 @@
-Unable to find image 'r-base:latest' locally
-latest: Pulling from library/r-base
-0656ed1d7f85: Pulling fs layer
-c753f78c1082: Pulling fs layer
-9b7d77a2fb38: Pulling fs layer
-f759fbe73258: Pulling fs layer
-5dbb370e90a3: Pulling fs layer
-77bb82bbd854: Pulling fs layer
-f759fbe73258: Waiting
-77bb82bbd854: Waiting
-c753f78c1082: Download complete
-9b7d77a2fb38: Verifying Checksum
-9b7d77a2fb38: Download complete
-f759fbe73258: Verifying Checksum
-f759fbe73258: Download complete
-0656ed1d7f85: Download complete
-5dbb370e90a3: Download complete
-0656ed1d7f85: Pull complete
-c753f78c1082: Pull complete
-9b7d77a2fb38: Pull complete
-f759fbe73258: Pull complete
-5dbb370e90a3: Pull complete
-77bb82bbd854: Verifying Checksum
-77bb82bbd854: Download complete
-77bb82bbd854: Pull complete
-Digest: sha256:d0e69d45a36a60dfc7fd972f68fcbc154071018c79b7f44c28fe0e6032f94233
-Status: Downloaded newer image for r-base:latest

docker/R/write/write_R_log.log

@@ -1,19 +0,0 @@
-000 (049.000.000) 05/10 11:02:21 Job submitted from host: <192.168.27.25:9618?addrs=192.168.27.25-9618&noUDP&sock=1446571_f6bf_4>
-...
-001 (049.000.000) 05/10 11:02:23 Job executing on host: <192.168.27.17:9618?addrs=192.168.27.17-9618&noUDP&sock=27247_c111_3>
-...
-005 (049.000.000) 05/10 11:02:39 Job terminated.
-	(1) Normal termination (return value 0)
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Run Remote Usage
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Run Local Usage
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Total Remote Usage
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Total Local Usage
-	899  -  Run Bytes Sent By Job
-	57  -  Run Bytes Received By Job
-	899  -  Total Bytes Sent By Job
-	57  -  Total Bytes Received By Job
-	Partitionable Resources :    Usage  Request Allocated 
-	   Cpus                 :        0        1         1 
-	   Disk (KB)            :       17        1     45972 
-	   Memory (MB)          :                 0      1024 
-...

docker/python/read/README.md

@@ -0,0 +1,9 @@
+# Lectura de archivos desde NFS para Python
+
+En esta plantilla encontrará:
+
+- [condor.submit](condor.submit): El archivo para enviar la tarea a HTCondor
+- [read.py](read.py): Script con código fuente
+
+Como no se requiere ninguna instalación externa, no se hace uso de una 
+imágen de docker personalizada

docker/python/read/docker_stderror

@@ -1,23 +0,0 @@
-Unable to find image 'python:3.7-alpine' locally
-3.7-alpine: Pulling from library/python
-bdf0201b3a05: Pulling fs layer
-59c926705abf: Pulling fs layer
-31ca6b067b5a: Pulling fs layer
-b18bc4e1c47b: Pulling fs layer
-7e244112a44c: Pulling fs layer
-b18bc4e1c47b: Waiting
-7e244112a44c: Waiting
-59c926705abf: Download complete
-bdf0201b3a05: Download complete
-bdf0201b3a05: Pull complete
-59c926705abf: Pull complete
-31ca6b067b5a: Verifying Checksum
-31ca6b067b5a: Download complete
-b18bc4e1c47b: Download complete
-7e244112a44c: Verifying Checksum
-7e244112a44c: Download complete
-31ca6b067b5a: Pull complete
-b18bc4e1c47b: Pull complete
-7e244112a44c: Pull complete
-Digest: sha256:a12943ec653051bab0c3a542cd99ef4b8f9c9253bfcdbfe291cfe5fea2c6008c
-Status: Downloaded newer image for python:3.7-alpine

docker/python/read/read.py.save

@@ -1,3 +0,0 @@
-def read_file():
-    with open("/datos/test/dummy_file.txt") as f:
-        dataf.read()

docker/python/read/read_python_log.log

@@ -1,19 +0,0 @@
-000 (055.000.000) 05/10 16:53:29 Job submitted from host: <192.168.27.25:9618?addrs=192.168.27.25-9618&noUDP&sock=1446571_f6bf_4>
-...
-001 (055.000.000) 05/10 16:53:30 Job executing on host: <192.168.27.17:9618?addrs=192.168.27.17-9618&noUDP&sock=27247_c111_3>
-...
-005 (055.000.000) 05/10 16:53:36 Job terminated.
-	(1) Normal termination (return value 0)
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Run Remote Usage
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Run Local Usage
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Total Remote Usage
-		Usr 0 00:00:00, Sys 0 00:00:00  -  Total Local Usage
-	802  -  Run Bytes Sent By Job
-	211  -  Run Bytes Received By Job
-	802  -  Total Bytes Sent By Job
-	211  -  Total Bytes Received By Job
-	Partitionable Resources :    Usage  Request Allocated 
-	   Cpus                 :        0        1         1 
-	   Disk (KB)            :       17        1     45972 
-	   Memory (MB)          :                 0      1024 
-...

docker/python/read/read_python_out.out

@@ -1,2 +0,0 @@
-data for test
-

docker/python/requirements/README.md

@@ -0,0 +1,33 @@
+# Instalación de requerimientos para Python
+
+En esta plantilla encontrará:
+
+- [compile_docker_image.sh](compile_docker_image.sh): Un script que construye y despliega la imagen automáticamente al registro de CIBioFi
+- [condor.submit](condor.submit): El archivo para enviar la tarea a HTCondor
+- [Dockerfile](Dockerfile): Archivo de construcción de imagen Docker personalizada
+- [requirements.py](requirements.py): Script con código fuente
+- [requirements.txt](requirements.txt): Archivo de requerimientos de Python
+
+## Instruciones de uso
+
+Por favor modifique el archivo `requirements.txt` indicando las librerías necesarias para su script
+
+```R
+django==2.2.0
+```
+
+Modifique luego el archivo requirements.py y coloque aquí su script.
+
+Por último ingrese al nodo master.cibiofi.univalle.edu.co (192.168.27.25) mediante SSH y copie en su sistema de archivos la plantilla modificada (use SCP o Filezilla)
+
+Ejecute el script `compile_docker_image.sh`
+
+```bash
+bash compile_docker_image.sh
+```
+
+Y por último envíe la tarea usando
+
+```bash
+condor_submit condor.submit
+```

docker/python/write/README.md

@@ -0,0 +1,9 @@
+# Escritura de archivos desde NFS para Python
+
+En esta plantilla encontrará:
+
+- [condor.submit](condor.submit): El archivo para enviar la tarea a HTCondor
+- [write.py](read.py): Script con código fuente
+
+Como no se requiere ninguna instalación externa, no se hace uso de una 
+imágen de docker personalizada

gpu/README.md

@@ -0,0 +1,7 @@
+# CUDA
+
+En esta plantilla encontrará:
+
+- [add.cu](add.cu): Archivo con el código fuente
+- [condor.submit](condor.submit): El archivo para enviar la tarea a HTCondor
+- [run.sh](run.sh): Archivo que se ejecutará al interior del contenedor como punto de entrada.