adecuacion del script original

.gitignore

@@ -0,0 +1,5 @@
+.DS_Store
+
+.log
+.out
+.err

00-CalculosIndicesVegetacion.R

@@ -0,0 +1,80 @@
+
+
+##########  GENERACION DE INDICES DE VEGETACION USADOS PARA EL 
+##########  CALCULO DEL RENDIMIENTO DEL CULTIVO DE ARROZ
+
+#########      GISMODEL  -   UNIVALLE
+
+#########              Mayo 2019
+
+#########    Se definen las carpetas de entrada de las bandas  
+#########    archivos tif de R, G, B, rededge y nir
+
+#########    Se da el path de salida en dónde quedarán los índices
+
+# Como esto no se va a ejecutar en nuestro computador local, debemos definir una manera genérica de
+# Decirle a R donde definir su directorio de trabajo
+# getwd() #      "/Users/m/Documents/2019/R-Modelación/R_projects/Eden/Eden_LPS"
+# setwd("/Users/m/Documents/2019/R-Modelación/R_projects/Eden/Eden_LPS/ejemplo_web1/ejemplo2/")
+
+# Asignamos los argumentos pasados al script en una variable args
+args <- commandArgs(TRUE)
+# El primer argumento pasado será el directorio de trabajo, por ejemplo
+# Rscript 00-CalculosIndicesVegetacion.R .
+setwd(args[1])
+library(rgdal)
+library(raster)
+
+carpeta_entrada='./Bandas/'
+carpeta_salida='./idices/'
+
+lista_datos =list.files((carpeta_entrada),pattern = '.tif')
+
+blue=raster(paste0(carpeta_entrada,lista_datos[[1]]))
+green=raster(paste0(carpeta_entrada,lista_datos[[2]]))
+nir=raster(paste0(carpeta_entrada,lista_datos[[3]]))
+red=raster(paste0(carpeta_entrada,lista_datos[[4]]))
+red_edge=raster(paste0(carpeta_entrada,lista_datos[[5]]))
+
+###   plot(blue)
+
+###CALCULANDO INDICES#########
+
+ndvi=((nir-red)/(nir+red))
+writeRaster(ndvi, filename=paste0(carpeta_salida,'/','ndvi.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+gndvi=((nir-green)/(nir+green))
+writeRaster(gndvi, filename=paste0(carpeta_salida,'/','gndvi.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+rvi=(nir/red)
+writeRaster(rvi, filename=paste0(carpeta_salida,'/','rvi.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+gvi=(nir/green)
+writeRaster(gvi, filename=paste0(carpeta_salida,'/','gvi_1.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+ngrdi=((green-red)/(green+red))
+writeRaster(ngrdi, filename=paste0(carpeta_salida,'/','ngrdi.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+rg=(red/green)
+writeRaster(rg, filename=paste0(carpeta_salida,'/','rg.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+ndre=((nir-red_edge)/(nir+red_edge))
+writeRaster(ndre, filename=paste0(carpeta_salida,'/','ndre.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+sr_re=(nir/red_edge)
+writeRaster(sr_re, filename=paste0(carpeta_salida,'/','sr_re.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+csm=(red/nir)
+writeRaster(csm, filename=paste0(carpeta_salida,'/','csm.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+csm_re=(red_edge/nir)
+writeRaster(csm_re, filename=paste0(carpeta_salida,'/','csm_re.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+ci_re=((nir/red_edge)-1)
+writeRaster(ci_re, filename=paste0(carpeta_salida,'/','ci_re.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+datt=((nir-red_edge)*(nir-red))
+writeRaster(datt, filename=paste0(carpeta_salida,'/','datt.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+sr=((1+ndvi)/(1-ndvi))
+writeRaster(sr, filename=paste0(carpeta_salida,'/','sr.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)

Dockerfile

@@ -0,0 +1,9 @@
+FROM r-base
+
+RUN apt install -y libgdal-dev libproj-dev
+
+WORKDIR /code
+ADD install.R /code
+RUN Rscript install.R
+
+CMD ["Rscript"]

README.md

@@ -0,0 +1,25 @@
+# Calculos Indices de Vegetación
+
+Para la adecuación del Script se utiliza la [plantilla de de R para el Cluster CIBioFi](http://cibiofi.univalle.edu.co/git/lacco/plantillas-cluster/src/branch/master/docker/R/requirements)
+
+Adecuación y contenerización del script en R para cálculos de vegetación para el uso del cluster.
+
+Se modifican las dos primeras líneas, definiendo una manera de definir el directorio de trabajo como
+argumentos para el script.
+
+Como el script requirer de las librerías `rgdal` y `raster` las instalamos en el archivo [install.R](install.R)
+
+```R
+install.packages("rgdal")
+install.packages("raster")
+```
+
+Como la librería `rgdal` tiene dependencias de sistema operativo, las instalamos en el [Dockerfile](Dockerfile)
+
+```Dockerfile
+RUN apt install -y libgdal-dev libproj-dev
+```
+
+Para compilar la imagen de docker en el cluster se usa el archivo [compile_docker_image.sh](compile_docker_image.sh), exactamente como en la plantilla.
+
+Se modifica también el archivo [condor.submit](condor.submit) para definir cuales son los archivos que se deben transferir al contenedor, cuales son los argumentos que se le pasan al ejecutable `/usr/bin/Rscript` que en este caso será el nombre del script y la ruta de los datos .

compile_docker_image.sh

@@ -0,0 +1,9 @@
+#!/bin/bash
+
+if [ -z "$1" ]; then
+    echo "A name for the image is needed"
+    exit 1
+fi
+
+docker build -t 192.168.27.25:5000/$(whoami)/$1 .
+docker push 192.168.27.25:5000/$(whoami)/$1

condor.submit

@@ -0,0 +1,11 @@
+should_transfer_files = Yes
+when_to_transfer_output = ON_EXIT_OR_EVICT
+transfer_input_files = 00-CalculosIndicesVegetacion.R
+Universe = docker
+docker_image = 192.168.27.25:5000/ma0/plumber_test
+Executable = /usr/bin/Rscript
+Arguments = 00-CalculosIndicesVegetacion.R /datos/ma0/calculo_bandas
+Log = vegetacion_log.log
+Output = vegetacion_out.out
+Error = vegetacion_err.err
+Queue

install.R

@@ -0,0 +1,2 @@
+install.packages("rgdal")
+install.packages("raster")