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00-CalculosIndicesVegetacion-original.R

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+##########  GENERACION DE INDICES DE VEGETACION USADOS PARA EL 
+##########  CALCULO DEL RENDIMIENTO DEL CULTIVO DE ARROZ
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+#########      GISMODEL  -   UNIVALLE
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+#########              Mayo 2019
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+#########    Se definen las carpetas de entrada de las bandas  
+#########    archivos tif de R, G, B, rededge y nir
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+#########    Se da el path de salida en dónde quedarán los índices
+
+getwd() #      "/Users/m/Documents/2019/R-Modelación/R_projects/Eden/Eden_LPS"
+setwd("/Users/m/Documents/2019/R-Modelación/R_projects/Eden/Eden_LPS/ejemplo_web1/ejemplo2/")
+
+library(rgdal)
+library(raster)
+
+carpeta_entrada='./Bandas/'
+carpeta_salida='./idices/'
+
+lista_datos =list.files((carpeta_entrada),pattern = '.tif')
+
+blue=raster(paste0(carpeta_entrada,lista_datos[[1]]))
+green=raster(paste0(carpeta_entrada,lista_datos[[2]]))
+nir=raster(paste0(carpeta_entrada,lista_datos[[3]]))
+red=raster(paste0(carpeta_entrada,lista_datos[[4]]))
+red_edge=raster(paste0(carpeta_entrada,lista_datos[[5]]))
+
+###   plot(blue)
+
+###CALCULANDO INDICES#########
+
+ndvi=((nir-red)/(nir+red))
+writeRaster(ndvi, filename=paste0(carpeta_salida,'/','ndvi.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+gndvi=((nir-green)/(nir+green))
+writeRaster(gndvi, filename=paste0(carpeta_salida,'/','gndvi.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+rvi=(nir/red)
+writeRaster(rvi, filename=paste0(carpeta_salida,'/','rvi.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+gvi=(nir/green)
+writeRaster(gvi, filename=paste0(carpeta_salida,'/','gvi_1.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+ngrdi=((green-red)/(green+red))
+writeRaster(ngrdi, filename=paste0(carpeta_salida,'/','ngrdi.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+rg=(red/green)
+writeRaster(rg, filename=paste0(carpeta_salida,'/','rg.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+ndre=((nir-red_edge)/(nir+red_edge))
+writeRaster(ndre, filename=paste0(carpeta_salida,'/','ndre.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+sr_re=(nir/red_edge)
+writeRaster(sr_re, filename=paste0(carpeta_salida,'/','sr_re.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+csm=(red/nir)
+writeRaster(csm, filename=paste0(carpeta_salida,'/','csm.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+csm_re=(red_edge/nir)
+writeRaster(csm_re, filename=paste0(carpeta_salida,'/','csm_re.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+ci_re=((nir/red_edge)-1)
+writeRaster(ci_re, filename=paste0(carpeta_salida,'/','ci_re.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+datt=((nir-red_edge)*(nir-red))
+writeRaster(datt, filename=paste0(carpeta_salida,'/','datt.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)
+
+sr=((1+ndvi)/(1-ndvi))
+writeRaster(sr, filename=paste0(carpeta_salida,'/','sr.tif'), format="GTiff", overwrite=TRUE)