Nelze vybrat více než 25 témat Téma musí začínat písmenem nebo číslem, může obsahovat pomlčky („-“) a může být dlouhé až 35 znaků.
Mauricio Collazos 8b8fed62f6 added original file před 5 roky
Bandas adecuacion del script original před 5 roky
.gitignore adecuacion del script original před 5 roky
00-CalculosIndicesVegetacion-original.R added original file před 5 roky
00-CalculosIndicesVegetacion.R adecuacion del script original před 5 roky
Dockerfile adecuacion del script original před 5 roky
README.md adecuacion del script original před 5 roky
compile_docker_image.sh adecuacion del script original před 5 roky
condor.submit adecuacion del script original před 5 roky
install.R adecuacion del script original před 5 roky

README.md

Calculos Indices de Vegetación

Para la adecuación del Script se utiliza la plantilla de de R para el Cluster CIBioFi

Adecuación y contenerización del script en R para cálculos de vegetación para el uso del cluster.

Se modifican las dos primeras líneas, definiendo una manera de definir el directorio de trabajo como argumentos para el script.

Como el script requirer de las librerías rgdal y raster las instalamos en el archivo install.R

install.packages("rgdal")
install.packages("raster")

Como la librería rgdal tiene dependencias de sistema operativo, las instalamos en el Dockerfile

RUN apt install -y libgdal-dev libproj-dev

Para compilar la imagen de docker en el cluster se usa el archivo compile_docker_image.sh, exactamente como en la plantilla.

Se modifica también el archivo condor.submit para definir cuales son los archivos que se deben transferir al contenedor, cuales son los argumentos que se le pasan al ejecutable /usr/bin/Rscript que en este caso será el nombre del script y la ruta de los datos .