Calculos Indices de Vegetación

Para la adecuación del Script se utiliza la plantilla de de R para el Cluster CIBioFi

Adecuación y contenerización del script en R para cálculos de vegetación para el uso del cluster.

Se modifican las dos primeras líneas, definiendo una manera de definir el directorio de trabajo como argumentos para el script.

Como el script requirer de las librerías rgdal y raster las instalamos en el archivo install.R

install.packages("rgdal")
install.packages("raster")

Como la librería rgdal tiene dependencias de sistema operativo, las instalamos en el Dockerfile

RUN apt install -y libgdal-dev libproj-dev

Para compilar la imagen de docker en el cluster se usa el archivo compile_docker_image.sh, exactamente como en la plantilla.

Se modifica también el archivo condor.submit para definir la imagen de docker, cuales son los archivos que se deben transferir al contenedor, cuales son los argumentos que se le pasan al ejecutable /usr/bin/Rscript que en este caso será el nombre del script y la ruta de los datos .